서울행정법원 행정11부(부장판사 김용찬)는 농협중앙회가 "농협에 부과한 1999∼2003년도 법인세 중 140억 원을 취소하라"며 서울 남대문세무서장을 상대로 제기한 법인세 부과처분 취소소송에서 원고일부승소 판결했다고 28일 밝혔다.
재판부는 "농협이 최종거래일로부터 5년이 경과하기 전 예금에 대해 정기적으로 이자를 지급하고 5년이 경과한 예금에 대해서도 고객이 언제라도 잔액을 조회할 수 있도록 했다"며 "따라서 예금채무에 대한 소멸시효는 중단된 것으로 봐야 한다"고 판단했다.
재판부는 "농협이 '휴면예금 찾아주기 운동'을 실시한 점, 소멸시효 완성을 이유로 휴면예금을 은행 잡수익으로 편입하는 것을 금융감독원이 지양하고 있는 점 등에 비춰 이 사건의 휴면계좌들이 수익으로 실현될 가능성이 크다고 볼 수 없다"고 설명했다.
또 "농협이 공제금에 대해서도 개별 안내문을 발송하는 등 시효 이익을 포기한 점이 객관적으로 확인됐으므로 기간이 만료된 공제금을 수익으로 산입한 것은 위법"이라고 덧붙였다.
서울지방국세청은 2004년 농협을 상대로 세무조사를 한 뒤 소멸시효완성에 따른 은행 수익을 계상하지 않았다는 이유 등으로 세무조정을 했다. 이에 남대문세무서가 과소신고가산세 및 미납부가산세 등 각 법인세 부과세액에 대해 법인세 경정처분을 내리자 농협은 법원에 소송을 냈다.
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